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“三定”方案对山东省食品药品监督管理局职能进行了调整，划入和增加职责8项，整合、下放、取消职责6项，对 4项职责进行了加强。职能调整后，主要承担生产、流通、消费环节的食品安全和药品、医疗器械、化妆品监督管理等10项职责。
根据职能职责调整，山东省食品药品监督管理局共设16个处室，分别是：办公室、综合处、法制处、食品安全协调督查处、食品生产监管处、食品流通监管处、餐饮服务食品监管处、保健食品化妆品监管处、药品注册处、药品生产监管处、药品市场监管处、医疗器械监管处、宣传和应急管理处、科技和标准处、人事处（挂对外交流合作处牌子）和规划财务处，以及离退休干部处和机关党委。
山东省食品药品监督管理局（挂山东省食品安全委员会办公室牌子）机关行政编制130名，配备食品安全总监、药品安全总监各1名，食品药品稽查专员5名。
