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（1997年10月17日农业部令第24号公布、2010年11月26日农业部令2010年第11号、2013年12月31日农业部令2013年第5号修订）
第一章 总则
第二条 本办法所称水生动植物自然保护区，是指为保护水生动植物物种，特别是具有科学、经济和文化价值的珍稀濒危物种、重要经济物种及其自然栖息繁衍生境而依法划出一定面积的土地和水域，予以特殊保护和管理的区域。
第三条 凡在中华人民共和国领域和中华人民共和国管辖的其他海域内建设和管理水生动植物自然保护区，必须遵守本办法。
第四条 任何单位和个人都有保护水生动植物自然保护区的义务，对破坏、侵占自然保护区的行为应该制止、检举和控告。
第五条 国务院渔业行政主管部门主管全国水生动植物自然保护区的管理工作；县级以上地方人民政府渔业行政主管部门主管本行政区域内水生动植物自然保护区的管理工作。
第二章 水生动植物自然保护区的建设
第六条 凡具有下列条件之一的，应当建立水生动植物自然保护区：
（1）国家和地方重点保护水生动植物的集中分布区、主要栖息地和繁殖地；
（2）代表不同自然地带的典型水生动植物生态系统的区域；
（3）国家特别重要的水生经济动植物的主要产地；
（4）重要的水生动植物物种多样性的集中分布区；
（5）尚未或极少受到人为破坏，自然状态保持良好的水生物种的自然生境；
（6）具有特殊保护价值的水生生物生态环境。
第七条 水生动植物自然保护区分为国家级和地方级。
具有重要科学、经济和文化价值，在国内、国际有典型意义或重大影响的水生动植物自然保护区，列为国家级自然保护区。其他具有典型意义或者重要科学、经济和文化价值的水生动植物自然保护区，列为地方级自然保护区。
第八条 国家级水生动植物自然保护区的建立，需经自然保护区所在地的省级人民政府同意，由省级人民政府渔业行政主管部门报国务院渔业行政主管部门，经评审委员会评审后，由国务院渔业行政主管部门按规定报国务院批准。
地方级水生动植物自然保护区的建立，由县级以上渔业行政主管部门按规定报省级人民政府批准，并报国务院渔业行政主管部门备案。
跨两个以上行政区域水生动植物自然保护区的建立，由有关行政区域的人民政府协商后提出申请，按上述程序审批。
第九条 水生动植物自然保护区的撤销及其性质、范围的调整和变化，应经原审批机关批准。
第十条 国务院渔业行政主管部门水生动植物自然保护区评审委员会，负责国家级水生动植物自然保护区申报论证和评审工作。
省级人民政府渔业行政主管部门水生动植物自然保护区评审委员会，负责地方级水生动植物自然保护区申报论证和评审工作。
第十一条 水生动植物自然保护区的范围和界线由批准建立自然保护区的人民政府确定，并标明区界，予以公告。其具体范围和界线应标绘于图，公布于众，并设置适当界碑、标志物及有关保护设施。
第十二条 水生动植物自然保护区按照下列方法命名：
国家级水生动植物自然保护区：自然保护区所在地地名加保护对象名称再加“国家级自然保护区”。
地方级水生动植物自然保护区：自然保护区所在地地名加保护对象名称再加“地方级自然保护区”。
具有多种保护对象或综合性的水生动植物自然保护区：自然保护区所在地地名加“国家级水生野生动植物自然保护区”或“地方级水生动植物自然保护区”。
第十三条 水生动植物自然保护区可根据自然环境、水生动植物资源状况和保护管理工作需要，划分为核心区、缓冲区和实验区。
第三章 水生动植物自然保护区的管理
第十四条 国家级水生动植物自然保护区，由国务院渔业行政主管部门或其所在地的省级人民政府渔业行政主管部门管理。
地方级水生动植物自然保护区，由其所在地的县级以上人民政府渔业行政主管部门管理。
跨行政区域的水生动植物自然保护区的管理，由上一级人民政府渔业行政主管部门与所涉及的地方人民政府协商确定。协商不成的，由上一级人民政府确定。
第十五条 渔业行政主管部门应当在水生动植物自然保护区内设立管理机构，配备管理和专业技术人员，负责自然保护区的具体管理工作，其主要职责是：
（一）贯彻执行国家有关自然保护和水生动植物保护的法律、法规和方针、政策；
（二）制定自然保护区的各项管理制度，统一管理自然保护区；
（三）开展自然资源调查和环境的监测、监视及管理工作，建立工作档案；
（四）组织或者协助有关部门开展科学研究、人工繁殖及增殖放流工作；
（五）开展水生动植物保护的宣传教育；
（六）组织开展经过批准的旅游、参观、考察活动；
（七）接受、抢救和处置伤病、搁浅或误捕的珍贵、濒危水生野生动物。
第十六条 禁止在水生动植物自然保护区进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、挖沙、爆破等活动。
第十七条 禁止在水生动植物自然保护区域内新建生产设施，对于已有的生产设施，其污染物的排放必须达到国家规定的排放标准。
因血防灭螺需要向水生动植物保护区域内投放药物时，卫生防疫部门应与当地渔业行政主管部门联系，采取防范措施，避免对水生动植物资源造成损害。
第十八条 未经批准，禁止任何人进入水生动植物自然保护区的核心区和一切可能对自然保护区造成破坏的活动。确因科学研究的需要，必须进入核心区从事科学研究观测、调查活动的，应当事先向自然保护区管理机构提交申请和活动计划，并经省级人民政府渔业行政主管部门批准。
第十九条 禁止在水生动植物自然保护区的缓冲区开展旅游和生产经营活动。因科学研究、教学实习需要进入自然保护区的缓冲区，应当事先向自然保护区管理机构提交申请和活动计划，经自然保护区管理机构批准。
从事前款活动的单位和个人，应当将其活动成果的副本提交自然保护区管理机构。
第二十条 在水生动植物自然保护区的实验区开展参观、旅游活动的，由自然保护区管理机构提出方案，报省级人民政府渔业行政主管部门批准。
第二十一条 外国人进入水生动植物自然保护区的，接待单位应当事先报省级人民政府渔业行政主管部门批准。
第二十二条 任何部门、单位、团体与国外签署涉及国家级水生动植物自然保护区的协议，须事先报国务院渔业主管部门批准；涉及地方级水生动植物自然保护区的，须事先经省级人民政府渔业行政主管部门批准。
第二十三条 经批准进入水生动植物自然保护区从事科学研究、教学实习、参观考察、拍摄影片、旅游、垂钓等活动的单位和个人须遵守以下规定：
（一）遵守主管部门和自然保护区管理机构制定的各项规章制度；
（二）服从自然保护区管理机构统一管理；
（三）不得破坏自然资源和生态环境；
（四）不得妨碍自然保护区的管理工作，不得干扰管理人员的业务活动。
第二十四条 水生动植物自然保护区内的自然资源和生态环境，由自然保护区管理机构统一管理，未经国务院渔业主管部门或省级人民政府渔业行政主管部门批准，任何单位和个人不得进入自然保护区建立机构和修筑设施。
第四章 罚则
第二十五条 违反本办法规定，由自然保护区管理机构依照《中华人民共和国自然保护区条例》第三十四条和第三十五条的规定处罚。
第二十六条 违反本办法规定，对水生动植物自然保护区造成损失的，除可以依照有关法规给予处罚以外，由县级以上人民政府渔业行政主管部门责令限期改正，赔偿损失。
第二十七条 妨碍水生动植物自然保护区管理人员执行公务的，由公安机关依照《中华人民共和国治安管理处罚法》的规定予以处罚；情节严重构成犯罪的，由司法机关依法追究刑事责任。
第二十八条 违反本办法规定，造成水生动植物自然保护区重大破坏或污染事故，引起严重后果，构成犯罪的，由司法机关对有关责任人员依法追究刑事责任。
第二十九条 水生动植物自然保护区管理人员玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊的，由所在单位或者上级主管机关给予行政处分；情节严重构成犯罪的，由司法机关依法追究刑事责任。
第五章 附则
第三十条 本办法由国务院渔业行政主管部门负责解释。
第三十一条 省级人民政府渔业行政主管部门、各级水生动植物自然保护区管理机构可根据本办法制定实施细则和各项管理制度。
第三十二条 本办法自发布之日起施行。
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